整合性醫藥衛生科技研究計畫之推展乃由於考量到影響健康與疾病的因素日趨多元化，單一學門的研究不足以瞭解疾病與健康的複雜關係，故從82年度起，仿效世界各先進國家的醫藥衛生科技研究機構發展支援大型整合性研究之經費補助機制(Funding Mechanism)，由衛生署編列經費補助國內各大學院校、醫療機構及學術研究單位，從事醫藥衛生方面的研究，而由本院承辦相關業務包括：計畫之徵求、申請、審查、核定、管核等行政科技管理工作。自89年度起，則改由本院編列經費逕行補助各研究單位進行研究。然為更有效解決國人面臨的醫藥衛生問題，自104年度起整合性計畫轉型為任務導向，並強化與院內研究之整合與分工，期研究成果能更符合國家需求。
審查組織架構 (查閱詳情)
依據國家衛生研究院學術諮議會暨學術審查委員會設置及作業要點成立，委員會由國內外傑出醫藥衛生學者專家組成，負責指導推動「整合性醫藥衛生科技研究計畫」相關制度及未來發展方向之規劃，多年來已建立整合性研究計畫經費補助機制(Funding Mechanism)之良好規範。
線上作業系統 (https://erad.nhri.edu.tw)
自94年度起計畫申請及成果填報等採用網路線上作業，計畫申請人請盡早申請研究人才資料庫帳號並定期更新個人資料，以利計畫申請書之撰寫。
學術倫理
所有參與計畫人員應遵循學術倫理規範，且執行機構應比照「科技部補助專題研究計畫作業要點」完成學術倫理相關之管理及教育機制，如發現有違反學術倫理或著作權法等情事者，執行機構應為適當之處置並提報本院，本院將依「國家衛生研究院學術倫理要點」、「國家衛生研究院學術倫理案件處理程序」辦理。