研究計畫書內容須配合研究計畫研究主題之特定需求，明確的研究目的與成果指標為審查之重點。審查通過之研究計畫，簽定研究計畫合約書前，計畫申請機構及計 畫主持人應依照本院審查意見，修正研究計畫書之研究內容、研究進度、人力配置、經費編列等。本院之研究計畫，非自由型計畫。計畫主持人於計畫執行期間，各 階段研究，均須明訂工作項目與預期成果，並定期繳交研究報告，本院亦得視需要召開研究計畫討論會，或對計畫進行實地訪查，俾據以管核與評鑑。如有進度落後 或無法達成預定目標者，計畫主持人應依照本院評鑑意見提出修正或說明。如因預期成果難以達成，研究無法繼續，或未依合約書之規範履行合約書所載義務者，本 院得隨時終止合約，並為必要之處置。計畫執行期間有關人事管理、經費核銷等與學術研究或行政作業相關事項，均依本院合作研究計畫行政業務 要點及說明手冊相關規定辦理。
合作研究計畫之學術合作模式有助於國內各學術研究機構合作網絡之形成，不但於發生重大醫藥衛生問題時能迅速集思廣益提出解決之道，亦可協助組成國內相同領 域之學術研究團隊，而合作研究計畫之研究成果並將有助於提昇國內醫藥衛生科技之水準，並進一步應用於生技產業等多項目標。