本院學術合作之推動：
學術合作推動係本院為解決國內重大醫藥衛生問題與需求，提升整體生醫科技研究水準。自本院成立以來便積極與國內各公私立研究機構、學校進行長期的學術交流 合作，並透過簽訂雙方學術合作辦法或合作研究計畫，加強雙方研究人員之互動，達到研究資源共享之目的。衡酌國內學術研究單位之專長與優勢，依據雙方需求及 相關規定，共同研提並簽訂學術交流合作辦法或合作研究計畫，共同研商未來學術交流合作之內容、工作及期程。學術交流合作合約或辦法係在長期合作與互利的前提下，規範雙方之權利與義務，包含人才之培訓、研究人員之兼合聘、合作研究計畫之研提與研究空間之借（使）用及借（使）用空間所衍生之費用分攤內容、分攤 比例、支付方式等。
本院與國內學術研究單位亦共同研議成立研究中心，由合作對象依本院之需求提出合作研究計畫，經本院聘請關領域專家學者審查通過後核定，並依本院合作研究計畫方式進行後續計畫管考作業。
目前已成立及正研議中之研究中心包含：
(1) 與高雄醫學大學合作之職業與環境醫學研究中心
(2) 與國立成功大學合作之前期臨床試驗中心
(3) 與國立臺灣大學合作之轉譯醫學研究中心
(4) 與國防醫學大學合作之跨領域研究中心
(5) 與台北醫學大學合作之神經再生醫學中心
此外，為推動院內研究，本院亦與國內醫藥衛生科技單位建立跨學術研究單位之合作研究網絡，共同提昇我國醫藥衛生研究水準，針對具重要性、急迫性、可行性等 課題，訂定研究主題，以合作研究計畫方式，進行共同研究。而研究主題可由各研究單位、本院學術會議或因應本院需要，與學者專家研擬提出，經本院聘請關領域專家學者審查通過後核定，並依本院合作研究計畫方式進行後續計畫管考作業。
目前已成立或正研議中之研究網絡包含：
(1) 台灣癌症臨床研究合作組織
(2) 老年醫學研究網絡
(3) 肺結核桿菌研究網絡
(4) 愛滋病研究網絡
(5) 登革熱研究網絡
(6) 感染症網絡
(7) 心血管疾病研究網絡
(8) 職業醫學研究網絡