【傑出學術成就獎歷年獲獎人名單】
| 年度 | 獲獎人 | 研究單位 |
| 90年度 | 何曼德 院士 | 臨床研究組 |
| 91年度 | 從缺 | |
| 92年度 | 溫啟邦 研究員 | 醫療保健政策研究組 |
| 93年度 | 從缺 | |
| 94年度 | 從缺 | |
| 95年度 | 夏克山 副研究員 | 生物技術與藥物研究組 |
| 96年度 | 從缺 | |
| 97年度 | 從缺 | |
| 98年度 | 蔡世峰 研究員 | 分子與基因醫學研究組 |
| 99年度 | 陳立宗 研究員級主治醫師 | 癌症研究所 |
| 100年度 | 從缺 | |
| 101年度 | 裘正健 研究員 | 醫學工程研究組 |
| 102年度 | 莊志立 研究員 | 分子與基因醫學研究所 |
| 103年度 | 從缺 | |
| 104年度 | 謝興邦 研究員 | 生技與藥物研究所 |
| 顏伶汝 研究員級主治醫師 | 細胞及系統醫學研究所 | |
| 105年度 | 邱英明 特聘研究員 | 細胞及系統醫學研究所 |
| 羅履維 研究員 | 生醫工程與奈米醫學研究所 | |
| 106年度 | 從缺 | |
| 107年度 | 熊 昭 特聘研究員 | 群體健康科學研究所 |
| 108年度 | 林峯輝 特聘研究員 | 生醫工程與奈米醫學研究所 |
| 109年度 | 從缺 | |
| 110年度 | 李敏西 研究員 | 感染症與疫苗研究所 |
| 111年度 | 郭呈欽 研究員 | 細胞及系統醫學研究所 |
| 112年度 | 許佳賢 研究員 | 生醫工程與奈米醫學研究所 |
| 113年度 | 王淑麗 研究員 | 國家環境醫學研究所 |
| 114年度 | 從缺 |
【年輕學者研究獎歷年獲獎人名單】
| 年度 | 獲獎人 | 研究單位 |
| 95年度 | 裘正健 副研究員 | 醫學工程研究組 |
| 謝興邦 副研究員 | 生物技術與藥物研究組 | |
| 96年度 | 徐祖安 研究員 | 生物技術與藥物研究組 |
| 陳新 副研究員 | 生物技術與藥物研究組 | |
| 97年度 | 王淑麗 副研究員 | 環境衛生與職業醫學研究組 |
| 蕭金福 副研究員 | 生物統計與生物資訊研究組 | |
| 98年度 | 伍素瑩 副研究員 | 生物技術與藥物研究組 |
| 邱燕楓 副研究員 | 群體健康科學研究所 | |
| 羅履維 副研究員 | 醫學工程研究組 | |
| 99年度 | 李敏西 副研究員 | 疫苗研發中心 |
| 陳娟瑜 副研究員 | 群體健康科學研究所 | |
| 顏伶汝 副研究員級主治醫師 | 細胞及系統醫學研究所 | |
| 100年度 | 陳豐奇 助研究員 | 群體健康科學研究所 |
| 蔣維棠 副研究員 | 生技與藥物研究所 | |
| 101年度 | 張堯 副研究員 | 感染症與疫苗研究所 |
| 劉俊揚 副研究員 | 細胞及系統醫學研究所 | |
| 102年度 | 黃東明 副研究員 | 奈米醫學研究中心 |
| 廖本揚 副研究員 | 群體健康科學研究所 | |
| 103年度 | 蔡坤志 副研究員級主治醫師 | 癌症研究所 |
| 紀雅惠 副研究員 | 細胞及系統醫學研究所 | |
| 104年度 | 張書銘 副研究員 | 癌症研究所 |
| 105年度 | 從缺 | |
| 106年度 | 褚志斌 副研究員 | 細胞及系統醫學研究所 |
| 許佳賢 副研究員 | 生醫工程與奈米醫學研究所 | |
| 107年度 | 鄒 倫 副研究員 | 生技與藥物研究所 |
| 108年度 | 黃明熙 副研究員 | 感染症與疫苗研究所 |
| 109年度 | 鍾仁華 副研究員 | 群體健康科學研究所 |
| 郭立威 副研究員 | 生醫工程與奈米醫學研究所 | |
| 110年度 | 李華容 副研究員 | 細胞及系統醫學研究所 |
| 廖倫德 副研究員 | 生醫工程與奈米醫學研究所 | |
| 111年度 | 馬克沁 副研究員 | 生醫工程與奈米醫學研究所 |
| 莊紹源 副研究員 | 群體健康科學研究所 | |
| 112年度 | 黃柏菁 副研究員 | 國家環境醫學研究所 |
| 林煜軒 副研究員級主治醫師 | 群體健康科學研究所 | |
| 113年度 | 從缺 | |
| 114年度 | 林彥鋒 副研究員級主治醫師 (基礎及應用研究) | 神經及精神醫學研究中心 |