為培育醫學科學、公共衛生、生物科技等相關領域深具研究潛力之人才或厚植研究基層人力，進而提昇醫藥衛生研究水準，本院提供院外研究人員之獎助。
本院目前提供之院外獎助有:
- 國家衛生研究院院外整合性醫藥衛生科技研究計畫優秀資深研究助理獎助 （NHRI Excellent Senior Research Assistant Award）
- 健康科學文教基金會暨國家衛生研究院醫學系學生暑期研究計畫 （FHS-NHRI Physician Scientists Cultivation Program）
- 國家衛生研究院醫師研究獎助 (NHRI Physician Scientist Award) (本獎助自即日起停止徵求)
- 國家衛生研究院博士後研究學者獎助 (NHRI Postdoctoral Fellowship Award) (本獎助自即日起停止徵求)
- 國家衛生研究院研究學者獎助 (NHRI Research Scholar Award) (本獎助自103年度起停止徵求)
- 國家衛生研究院醫學士、牙醫學士攻讀博士學位及醫學雙學位學生獎助 (本獎助自99年度起停止徵求)
- 國家衛生研究院臨床醫師攻讀臨床與基礎醫學碩士在職進修專班獎助 (NHRI Medical Research Award for Physicians in Working Professional Master’s Program) (本獎助自99年度起停止徵求)