沿革及現況
本院於成立初期，即設立院外研究業務處（以下簡稱院外處）及院內研究業務處（以下簡稱院內處），院外處最主要的任務為推動整合性醫藥衛生科技研究計畫、加強國內外學術資訊交流與促進國際合作及人才培育；院內處最主要的任務則為規劃研究單位的成立，統籌本院整體學術研究業務的規劃與推動。
隨著本院各研究單位陸續成立，院內各研究組織架構及相關業務均已步上軌道，另一方面國內醫藥衛生研究環境及資源亦已較過去改善，原院外處及院內處階段性任務已達成，為提升行政效率，並減少行政成本支出，本院在2006年9月進行組織調整，在院內處方面，將環境安全與職業衛生室及實驗動物中心劃歸於院長室下，納入原隸屬院長室之企劃考核組，整併成為「學術發展處」（以下簡稱「學發處」）。
在2007年更進行全院組織重整，經董事會通過，學發處與原院外研究業務處合併，下設「企劃室」、「推展室」、「審查室」與「評鑑室」等二級單位，負責全院學術規劃與發展相關事務。2010年起「評鑑室」改組為「培訓室」，納入院內研究人才培訓工作。
※若您需要參考原「院外研究業務處」網頁，請 按此連結。
任務
為協助規劃與推動全院學術研究發展，學術發展處的主要任務包括：
- 配合政府各部會需要，進行全院研究計畫、成果彙集與績效統計
- 推動院內各項研究業務及進行學術評鑑
- 整合院內研究資源及推動院內研究單位間之協調與合作
- 協助院內研究人員爭取政府研究經費
- 建立院外合作研究網絡
- 提昇國內醫藥衛生研究，協調與整合國內醫藥衛生研究資源
- 培育醫藥衛生研究人才
- 加強國內外學術資訊交流與促進國際合作